ناروتو كان شيبوني شاب أنجز حلمه ليكون النينجا الأعظم في قريته وحصل على أعلى منصب وهو الهوكاجي لكن هذه ليست قصته ، جيل نينجا جديد مستعد لأخذ المنصة تحت قيادة أبن ناروتو الذي يدعى بوروتو !
تركز القصّة حول ولد غير بشريّ يمتدّ على جانبيّ الخط بين العالم البشريّ والعالم الخارق للطبيعة.
وتدور قصة الأنمي حول إيروها التي تبحث عن أختها الضائعة في مدينة كاميهاما التي تصل إليها هومُرا كذلك.
تدور الأحداث المدرسية حول طالب في الثانوية يدعى سِري كويوكي وزميله المصاب بمتلازمة تشونبيو ويعتقد بأن داخل عينه تسكن شخصيته الأخرى إله الدمار الظلامي.
